El repetido colapso de las vías aéreas superiores, o apnea de sueño , se caracteriza por episodios de aumento del CO2 en sangre y disminución del oxígeno, llevando a un aumento en las especies reactivas de oxígeno. Esta condición es prevalente en hipertensos (35% aprox.), y en pacientes con resistencia a los fármacos para tratar la hipertensión, la cual puede llegar al 65-80% de ellos.
El rol de la microbiota en el síndrome de apnea obstructiva del sueño (SAOS) se ve reflejado en desórdenes asociados a la presión sanguínea. La relación entre SAOS y los cambios de la microbiota intestinal ha sido estudiada fragmentando el sueño para generar una imitación del SAOS, encontrando que los especies que sintetizan ácido graso de cadena corta (SCFA) que poseen una importante función en el organismo disminuyen, y se enriquecen especies pro-inflamatorias patógenas, acompañado de elevados niveles de la interleucina proinflamatoria IL-6 y reducidos niveles de homocisteína y TNF-a, que a su vez están en directa proporción a una reducción en especies de Lactobacillus.